Est-ce qu’il vaut mieux connecter plusieurs segments ensemble ou bien les fusionner, dans l’alignement ?

Cela n’a pas vraiment d’importance, tant que la phrase/l’unité sémantique est conservée (toute la phrase source avec toute la phrase cible). Cela dit, comme le type de connexions multiples possible est limité (1:2 -1:3 - 1:4 - 1:5 - 2:2), il est parfois quand même nécessaire de fusionner des segments.